一套完整的反渗透系统由：预处理系统、膜过滤系统、后处理系统和清洗系统。针对不同的进水水源及不同要求产水水质，设计合理的反渗透系统，能降低系统污染速度，延长系统清洗周期，降低清洗频率，提高系统的长期稳定性，降低系统运行的成本。

一般的设计步骤为：

1) 水源水质的分析；

2) 针对水源水质设计合理有效的预处理方案，以达到膜元件的进水要求；

3) 根据产水量和产水水质要求设计合理的膜过滤系统，及系统自我冲洗维护程序；

4) 根据对产水水质需求设计后处理部分（如离子交换处理系统）；

5) 设计合理的物理、化学清洗系统；

对膜系统设计影响最大的因素是进水的污堵倾向，膜元件污堵是由于进水中存在颗粒物、胶体物质、有机物等并在膜面沉积，污堵物沉积速度随着系统平均产水率(单位膜面积上的产水负荷)和元件回收率（影响浓差极化度）的增加而增加。因此，过高的系统平均产水率和系统回收率很容易产Th更高的污堵速率和更频繁的化学清洗。

设计导则是根据不同类型的水源中大量的工程项目设计及运行数据总结出的经验数值，依照此导则设计的系统其运行周期更长、清洗频率更低，注意本导则是设计系统的一种参考，不能作为承诺的质保。